MD5产生一个128位的HASH值，在经过一写初始树立后，将明文分成了512位的块，再将每一块分成16个32位的子块。算法的输出是4个32位的块，连接起来构成128位的HASH值。
首先，将消息填充到比512的倍数少64位，填充时先向消息末尾填一个1，然后再填满0，然后后面再加上一个64位的消息长度的表示(不包括填充位)。这两步使消息长度恰好是512的倍数，同时保证不同消息在填充后仍不相同。
初始化4个32位变量:
A=0x01234567
B=0x89abcdef
C=0xfedcba98
D=0x76543210
这些变量成为链变量。
然后，开始算法的主循环。这个循环对消息中所有的块都执行一次。将4个变量复制到不同的变量:a值为A，b值为B，c值为C，d值为D。
主循环有4圈，都很相似。每圈使用一个不同的操作，重复16次。每个操作完成一个a,b,c和d中三个变量的非线性函数。然后，将结果与第四个变量、文本的一个子块和一个常数相加。然后，将结果混换左移一个可变值的位数，再将结果与a,b,c和d之一相加。最后用结果来代替a,b,c和d之一。
共有4个非线性函数，每次操作使用一个，每圈都不相同。
F(X,Y,Z)=(X∧Y)∨((「X)∧Z)
G(X,Y,Z)=(X∧Z)∨(Y∧(「z))
H(X,Y,Z)=X㈩Y㈩Z
I(X,Y,Z)=Y㈩(X∧(「z))
㈩为异或，∧为与，∨为或，「为非
如果Mi代表消息的第i个子块(0到15),而<< FF(a,b,c,d,Mj,s,ti)代表=a=b((a+F(b,c,d)+Mj+ti)<< GG(a,b,c,d,Mj,s,ti)代表=a=b((a+G(b,c,d)+Mj+ti)<< HH(a,b,c,d,Mj,s,ti)代表=a=b((a+H(b,c,d)+Mj+ti)<< II(a,b,c,d,Mj,s,ti)代表=a=b((a+I(b,c,d)+Mj+ti)<<
